ob das der Führerscheinstelle gemeldet werden dürfte.

Grundsätzlich nicht, glaube ich.

, ob bei der amtsärztlichen Untersuchung nach Drogen gesucht wird

Wenn du deshalb schon MPU hinter dir hast, vermutlich schon.

Achja: Für solche fragen gibt´s die Suche(s.l.o.)....

Wenn durch eine Tatsache (z.B. ein Gerichtsurteil) begründete Zweifel daran aufkommen, ob ein anerkannter Kriegsdienstverweigerer ( KDV) in seinem damaligen Anerkennungsverfahren die Wahrheit gesagt oder geschrieben hat, kann ein Verfahren auf Aberkennung des KDV- Status eingeleitet werden. Wenn durch Gerichtsurteil also bekannt wird, dass jemand anderen Menschen aus z.B. Profitgründen gesundheitlichen Schaden zufügt oder gar deren Tod billigend in Kauf nimmt oder genommen hat, können dadurch Zweifel aufkommen, ob sein in der seinerzeitigen Verweigerung genanntes Gewaltfreiheitsprinzip wirklich der Wahrheit entsprach. Diese Zweifel führen dann zur Einleitung eines Verfahrens an dessen Ende der Widerruf der Anerkennung als KDV stehen kann. Jemand, der mit Drogen handelt oder andere Gewaltstraftaten begeht, hat offensichtlich doch ein sehr fragwürdiges Verhältnis zur gesundheitlichen Integrität seiner Mitmenschen. Hier wäre bei Vorliegen eines entsprechendes Urteils eines Strafgerichts ein Verfahren auf Aberkennung durchaus wahrscheinlich. Es kommt dabei natürlich auf die Umstände des Einzellfalles an. Quelle:Zivildienst.de

Die Aberkennung des KDV Status heißt im folgenden das du die volle Wehrdienstzeit ableisten darfst.
Wurdest du also wegen Fahren unter Drogeneinfluss verurteilt solltest du dir dahingehend mal Gedanken machen.

also aus meiner persönlichen erfahrung heraus, und dem, was ich so im freundeskreis mitbekommen habe, würde ich behaupten: nein.

ich hab mit fast demselben manko (trunkenheitsfahrt nach $24a, sogar mit kleinsten mengen im fahrzeug, aber ohne mpu) ganz unbeschadet meinen zivildienst, inklusive fahrdienst gemacht.
ein bekannter von mir hat während seines zivildienstes den führerschein verloren (diesmal mit mpu) und hat ihn ganz normal, natürlich ohne fahrdienst, weitergemacht...

aber wie gesagt: ist alles subjektiv, viel mehr als "augen zu und durch" bleibt dir nicht. hauptsache du verplapperst dich bei den behörden/in der dienststelle nicht... wenn da das thema kiffen zur sprache kommen sollte, solltest du am besten total ahnungslos sein...